मुद्दा जितेसँगै निलम्बन फुकुवा भएकाले उनी पुनः सरकारी जिम्मेवारीमा फर्किएका थिए । अर्यालविरुद्ध भ्रष्टाचार मुद्दा दर्ता भएको भोलिपल्ट १० असारमा मन्त्रिपरिषद बैठकले योजना आयोगमा विशिष्ट श्रेणीको मुख्यसचिव सरहको पद सिर्जना गर्दै उनलाई सरुवा गरेको थियो । ‘नेपाल सरकारका मुख्यसचिव डा. बैकुण्ठ अर्याल स्वतः निलम्बनमा रहनु भएको सन्दर्भमा राष्ट्रिय योजना आयोगमा विशेष अधिकृत (राजपत्राङ्कित विशिष्ट श्रेणी, मुख्यसचिवसरह) पद सिर्जना गरी निजको पदाधिकार उक्त पदमा सार्ने’, मन्त्रिपरिषदको निर्णयमा भनिएको थियो ।

यो पदका लागि आयोगमा कुनै जिम्मेवारी नतोकिएकाले उनले त्यहाँ कुनै अधिकारसहित काम भने गर्न पाउने छैनन् । मुद्दा लागेको भोलिपल्टै अर्याललाई सरुवा गर्ने निर्णयपछि लीलादेवी गड्तौला निमित्त हुँदै ३१ असारमा कायममुकायम मुख्यसचिव नियुक्त भएकी थिइन् । त्यसपछि १० साउनमा मुख्यसचिव नियुक्त भएकी उनले अवकाश पाएपछि १३ भदौमा एकनारायण अर्याल मुख्यसचिव नियुक्त भएका थिए । अहिले डा. बैकुण्ठ अर्याल र एकनारायण अर्याल दुवै जना नेपाल सरकारको विशिष्ट श्रेणीको मुख्यसचिव वा सरहको पदमा कायम छन् । यस्तो अवस्थामा १० असारको मन्त्रिपरिषदको निर्णय अनुसार नै अर्याललाई योजना आयोगमा सिर्जित विशेष दरबन्दीका लागि रमाना दिएको थियो ।